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建立之初
一九三一年“九一八”事变后，国民政府和蒋介石为了进一步加强中央政府的集权，以加强国家统一，为日后全面抗战做准备，效仿墨索里尼的“黑衫党”，在黄埔军人贺衷寒、戴笠、郑介民、康泽等“十三太保”的策划下，组织了一个以军人为主体的复兴社(有人称兰衣社)，1932年又在复兴社内设核心组织力行社。
力行社，设有一个专门进行谍报活动的特务处，它是军统局的最前身。戴笠为处长。
一九三七年底，力行社特务处，与特工总部（1927年成立之“国民政府军事委员会密查组”）合并，成立‘’国民政府军事委员会调查统计局‘’。下辖二处，第一处负责党务，第二处则负责情报，并直接向委员长蒋中正负责。力行社特务处编为该局第二处。
前期
事务
抗战开始的1938年8月，该局重组，第一处另成为“国民党中央执行委员会调查统计局”(即中统)，而军统局仍交由戴笠负责。除负责刺探情报，进行反谍工作外，军统局亦以刺杀等手段执行情报任务，反对中国gcd。抗战期间军统局曾多次刺杀投日的军政人员，如暗杀张啸林、唐经，暗杀未成的有殷汝耕、季云卿、汪精卫、周佛海。而隶属bis的各个“游击司令部”和“交通警察大队”则深入日寇占领区开展广泛的游击战，对打击日寇和汉奸，起了不小的作用。国民党两大特务组织之一”军统”成立1938年8月，国民政府军事委员会调查统计局成立，简称”军统”它是国民党两个主要特务组织之一。其前身是复兴社的核心组织”力行社”的特务处。军统局内勤组织共有八处、六室、一所;外勤组织在各大城市设”区”在各省设”站”，在一些重要城市设特别组，它甚至连边远如伊犁、拉萨及一些国外的重要城市都设有机构。”军统”的基本组织是”组”及直属情报员，它们的特工人员分布到国民党的军队、警察、行政机关以及交通运输等各个部门。它控制了一些大专院校的”抗日锄奸团”、海关、边卡和交通要道的”缉私大队”、”税警大队”、”盐警大队”、铁路沿线的”交通大队”，以及江南各沦陷区的”忠义救国军”等公开武装部队。军统利用监视、绑架、逮捕和暗杀等手段，进行特务活动。抗战期间，军统局的正式在册人员和学员，在抗日战争中牺牲者就达18000人以上，而抗战结束时全部注册人员为4万5千余。其他附属人员牺牲者更众。
同时，军统对gcd进行收集情报和暗杀，如1940年8月13日，中国gcd陈昭礼少将（全国战地动员委员会委员）在崇安吴公岭被事先埋伏的务军统杀害。也有一些军统人员投降日本，日本占领区的重要特务头子大多来自军统中统，如李士群、丁默村等。
组织形式
军统局的组织形式是局-区-站-组-队，有的地方设有相当区、站的办事处。组是军统局特工组织的基本单位。由于任务不同，组又分普通组、潜伏组、行动组、策反组、随军组、防谍组、组等。每组通常由十人左右组成。
此外，军统局还设有电讯组织、武装组织、训练机构以及在军、政、警、宪等机关中的控制运用组织和“特种”组织。如中国gcd一大代表张国焘主持的特种政治问题研究所。
成员称呼
军统局的特务称为组员或通讯员，多系受过专门训练的特工人员；当地录用者需经组长引荐，局方批准，并经试用合格。试用期间，称为试用员或试用通讯员。尚未经局方批举的，称为运用员或运用通讯员。国民党两大特务组织之一”军统”成立1938年8月，国民政府军事委员会调查统计局成立，简称”军统”它是国民党两个主要特务组织之一。其前身是复兴社的核心组织”力行社”的特务处。军统局内勤组[1]织共有八处、六室、一所;外勤组织在各大城市设”区”在各省设”站”，在一些重要城市设特别组，它甚至连边远如伊犁、拉萨及一些国外的重要城市都设有机构。”军统”的基本组织是”组”及直属情报员，它们的特工人员分布到国民党的军队、警察、行政机关以及交通运输等各个部门。它控制了一些大专院校的”抗日锄奸团”、海关、边卡和交通要道的”缉私大队”、”税警大队”、”盐警大队”、铁路沿线的”交通大队”，以及江南各沦陷区的”忠义救国军”等公开武装部队。军统利用监视、绑架、逮捕和暗杀等手段，进行特务活动。
1940年4月，蒋介石为集中对日本军队电讯密码的破译力量，下令bis“特种技术研究应用处”（6处）加强对日情报工作。在6处中，池步洲担任了军政部军用无线电总台第43台主任。1941年5月开始，池步洲在破译的日本外交密电中，他已感到日本要对美国“采取断然行动”了，并判断：日本对美进攻的地点可能是在珍珠港,发动战争的时间可能选择在星期天。军统局破译出日本海军将要偷袭珍珠港的密电后，通知美国海军，但孤立主义情绪泛滥的美国当局怀疑是中国挑拨日美关系，未引起重视，以致酿成严重后果。
抗战期间，军统局的正式在册人员和学员，在抗日战争中牺牲者就达18000人以上，而抗战结束时全部注册人员为4万5千余。其他附属人员牺牲者更众。
同时军统对gcd进行收集情报和暗杀，如1940年8月13日，中国gcd陈昭礼少将（全国战地动员委员会委员）在崇安吴公岭被事先埋伏的务军统杀害。
也有一些军统人员投降日本，日本占领区的重要特务头子大多来自军统中统，如李士群、丁默村等。
国共内战期间
1946年8月军事委员会改组成国防部，军统局的正式名称亦改为国防部保密局。其公开特务武装部分与军委会军令部二厅合并为国防部第二厅，由郑介民任厅长；秘密核心部分组成国防部保密局，毛人凤为局长。
解放战争期间，军统主要对付gcd，如1949年11月14日，中国gcd党员江竹筠在重庆渣滓洞监狱被军统特务杀害，年仅29岁。
根据沈醉的回忆录，戴笠曾任用张国焘组织对gcd的情报工作，并在西北设置情报站，进行对我党根据地的活动，但是由于张为高层叛变人员，并不清楚基层组织的运作方式，仅通过回忆录的方式向军统提供关于党内的高层信息，在张国焘任职期内，渗透工作从未成功，之后张逐渐失去戴的信任，离开军统。
解放后
1949年国民政府败退台湾后，一部分军统留在大陆进行暗杀，破坏，情报等活动。克什米尔公主号事件就是军统所为。中国gcd政府对军统严厉镇压，镇压反革命运动中，军统在大陆人员，除了少数立功者以外，一律枪决或重刑。到五十年代中，军统在大陆大致肃清。
以后的政治运动中，如肃反运动、四清运动、清理阶级队伍运动（“文化大革命”的一段插曲），一次又一次追查残余军统人员以及和怀疑曾和军统有关的人物，“活人要落实到人头，死人要落实到坟头”。到1976年后，不再提及军统。
迁台后的军统局
1949年国府迁台。1950年，保密局恢复正式编组，于台北士林芝山岩设立局本部，持续执行情报蒐集，并主导台湾省工作委员会案及台北市工作委员会案等白色恐怖。
1955年，情报机构改制。保密局改组为国防部情报局。保防侦查等业务拨归“司法行政部调查局”接管。一般说来，该阶段先后实际执行者为毛人凤与蒋经国。
1984年发生江南案，当时之情报局长汪希苓亦被捕入狱，情报局再次大改组。1985年7月1日，情报局与国防部特种情报室并编成立军事情报局，隶属国防部参谋本部，受参谋总长直接指挥。
中统与军统的区别
中统是国民党党中央的情报机构。
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