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对哈萨克汗国的战争暂且不提，这时候的固始汗在经过多方试探后，终于和林丹汗开战了。
林丹汗这边除了他带来的察哈尔部众外，还有绰克图台吉带来的四万帐外喀尔喀部众（绰克图台吉被林丹汗封为却图汗），以及西藏的藏巴汗、康区的白利土司月顿。反黄教联盟共有部众二十万帐，控弦之士二十万，号称四十万。
固始汗手下则有瓦刺精兵十五万，这些都是跟着固始汗征战四方的精锐之士，而且大明承认固始汗对天山南北的统治权，任命他为朵甘思宣慰司都指挥使，乌思藏宣慰司都指挥使，而大明的西北军区则表示在战争出现胶着时，会无条件地支持固始汗，打击惹事生非的林丹汗。
于是在天启十三年五月，战马食物充足的时候，固始汗发动了对林丹汗的攻击。战场选在大草滩附近，据军事调查统计局后来的报告说，双方杀得天昏地暗，死伤无数，最后以固始汗惨胜收场。
这场战争并没有真正的胜利者，林丹汗正好得病，结果气急攻心，竟然一命呜呼了。却图汗被瓦刺人杀死，藏巴汗见势不妙，舍下一部后断尾求生，主力躲回了高原之上，白利土司月顿也带着一部分部下，向着西方而去。至此，反黄教聪明分崩离析。
反观固始汗这边，固始汗自己在战斗中受伤，被一箭射中下巴，因为医疗条件的限制，一直缠绵病榻不能视事。长子拉特司接过了军队的指挥权，付出了死亡两万多瓦刺精骑的代价，共杀死俘虏对方约三万多人。而在战后因为疫病的流行，又死亡了几千人，伤者遍地，实力因而大损，使得瓦刺人一时没有能力进入乌思藏地区。
这时满桂终于跳了出来，他下令张荩臣部迅速向大草滩进军，将反黄教联盟的残余部众一网打尽，俘虏了三万多察哈尔人，两万多却图汗的外喀尔喀人。并且占据了大草滩永固城，利用俘虏开始大修城防及永固城与古浪所之间的道路。
陕西有大量的马铃薯贮存，这时正好用来喂饱俘虏。这些俘虏大多都是身体强壮之辈，在食物管饱的前提下，在明军一言不合便直接刺刀见红的威胁下，在这陕西的边地开展了轰轰烈烈的大修建运动。在明人的指导下，一座座水泥窑迅速地建立了起来，大量的水泥被用来修建一条八步宽的高等级公路。而在公路附近，铁路部的吏员顺便让俘虏修建好了铁路的路基。
这些只需要填饱肚子就会尽心尽力干活的俘虏让明人非常满意，他们又不要钱，又适应当地的气候，而且死了以后随便烧一下就能让他们的同伴满意，铁道部的吏员向上面报告，认为这种俘虏比印度人要好用得多，希望茅尚书能够和军队交涉一下，多抓些俘虏，这样陕西的公路和铁路就能够更快地修好了。
茅元仪把下面的报告当成笑话说与皇帝听，朱由校听了后也笑道：“这个想法不错，你和总参谋部接洽一下，让他们将俘虏都交给你们处理，不过有一点要记住，同时让他们提供监管的军队。这些俘虏我们可以把他们看做是工具和财产，工具如果造反的话，那就真的成笑话了。”
茅元仪大喜，他只是试探一下，不想皇帝却给了他这样的答复。他谢过后转身便去总参谋部。熊廷弼听他说了后说道：“既然陛下已经准许，我们当然没有问题。只是你们用的时候，也要稍微怜惜一下，不要折损得太厉害。这俘虏的事，并不是我们想抓就能抓到的，不过曹变蛟那边听说倒是有大量的哈萨克汗国俘虏，除了其中的贵族是用来勒索赎金的以外，其他的俘虏反而要消耗粮食，我们和瓦刺人商量一下，看能不能把这些俘虏运回来，支援铁道部的建设大计。”
茅元仪笑道：“我们愿意支付瓦刺人运费，反正陕西的马铃薯正好多得吃不完，他们运俘虏过来，然后运粮食回去，这样对双方都有好处。至于那些修路的俘虏，我们可珍惜着呢，平日里也会搭配一些其它的食物给他们吃，还专门配有医生给他们看病。”
熊廷弼点了点头道：“能够干活的当然要看病，但如果失去了劳动能力，那就处理了吧。这事交给监管的军队处理，我们不能白养着俘虏，即使我们的马铃薯有多余，那也是大明人辛辛苦苦种出来的，总不能白白给外族人。”
茅元仪有些不忍，却也知道熊廷弼说的是正理，总不可能用粮食养活一群不能干活的俘虏。反正做这种事的是军队，他即使想反对也没有人会听他的。
而这时的甘肃镇早已经破败多年，满桂亲自坐镇永固城后，张荩臣来到甘肃镇（张掖），他一到甘肃镇便召集了各方势力开会，商量以后甘肃镇的具体事宜，用他私下里说的话，便是要让这里的人明白，到底谁才是甘肃镇的老大。
参加会议的计有蒙古人，瓦刺人，当地的回回，还有藏族的土司代表。张荩臣首先便说道：“甘肃镇是我大明军镇，这次我来了之后，发现我大明汉人基本上都住在城外，而且生活颇为拮据，听说汉人种植水稻，最多的竟然要给三方势力交税，这是怎么回事呀。”
当下便有当地回回代表站起来说道：“自大元以来，甘肃镇的汉人便是种植水稻，也一直交税给大元及我们回回，现在只不过是换成了交税给瓦刺和回回罢了。”
张荩臣斜眼看着回回代表道：“大元，现在可是大明了。汉人不需要给任何民族交纳赋税，只有大明的皇帝才有资格收取汉人的赋税，从今以后，所有加诸于汉人头上的赋税全部取消。”
现在你有军队在手，你说什么就是什么，大家都明白这个道理，所以倒是没有人反对，但是张荩臣接下来的一句话就让所有人都炸了锅。