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而这时叶向高终于到了京师，进了内阁，当然，和历史稍有不同的是，首辅还是方从哲，叶向高为次辅，再加上刘一燝和韩爌两位阁员，内阁一共是四个人。叶向高是王化贞的座师，当然支持他，而这时的兵部尚书张鹤鸣和熊廷弼关系很不好（当然，朝中和熊廷弼关系好的很少，包括楚党中人，因为熊廷弼嘴巴太臭，得罪人太多），因为熊廷弼曾经骂过他和叶向高不懂军事，是两个大草包。他很欣赏王化贞，在他的纵容之下，朝中已经有人放出风声，认为应该让熊廷弼下台，让王化贞去当经略，总领辽东事务。
朱由校觉得现在这样经抚不和，显然是不利于辽东事宜的，于是在熊廷弼出关来到右屯时，尝试提出由熊廷弼节制王化贞，一起守好广宁。
这下叶向高不干了，他支持王化贞不受熊的节制，并向皇帝上疏，称：“欲化贞受其节制，则举朝之人皆以为难行。”
不久王化贞上奏，认为如果朝廷给他专事辽东之权，他只需要六万兵，就可在明年三月荡平辽东，熊廷弼则认为他是说大话，两人开始用奏折吵架。
京营的捷报，使得京师成了欢乐的海洋。前不久毛文龙的捷报已经让京师人兴奋了一回，毛文龙不过斩首几百，而这次则是斩首一千四百多，真夷都有六百多哟。而群臣也是交相祝贺，都觉得有王化贞在，辽东形势一片大好，建奴即将被一举荡平。
所以当年轻的皇帝再次提出要用熊廷弼节制王化贞时，大臣们的反应是愤怒。明明是王化贞立了这么大的功，熊廷弼躲在后面玩他的以守代攻，现在竟然要王化贞受熊大嘴的节制，有没有搞错呀。首先在叶向高的示意下，左光斗出列反对，认为王化贞的一举荡平符合实际，现在毛文龙和京营的捷报就是例证，而熊廷弼的守而后战只是徒耗国帑，难见成效，且其置辽东汉民于何地。
然后群臣纷纷上奏，大都是支持王化贞而反对熊廷弼的，包括叶向高，刘一燝，韩爌等内阁中人和兵部尚书张鹤鸣都是支持王化贞的，他们都是东林党人。方从哲则是支持熊廷弼的，而且他认为须在经略和巡抚中选定一人，专任辽事，事权合一方能取得成效。
朱由校见形势不妙，只得将这个提议做罢，群臣见皇帝终于低头，不再坚持自己错误的意见，都大感欣慰，觉得这小皇帝虽然眼光不行，但至少在接受意见方面比他爷爷要强得多。
皇帝将方从哲等内阁中人及兵部尚书留了下来，一起来到西暧阁。大家坐下后，朱由校将近卫军众将的奏折发给大家传看，看完后，大家都陷入了沉默。
“各位爱卿看了后觉得如何，朕想听听真心话。”朱由校扫视了大家一眼，“本兵，这是你的职责，你先说吧。”
张鹤鸣嘴唇动了两下，却没有说出话来，他轻轻地咳嗽了一下，然后道：“杨同知所言，只是其一家之言，且杨同知年岁尚轻，识人之术未必就可为真。”这话就有点强词夺理了，皇帝先就说了是近卫军三将合写的奏折，周遇吉和曹文诏可已经是成年人了。朱由校没有理他，看向叶向高。
叶向高道：“王化贞欲为皇上一举荡平辽东，还我大明江山，其心之诚，其意之真，天下可共鉴之。若是以熊廷弼节制王化贞，则天下人不明其理，广宁军中人心浮动，恐有碍辽东之事。”
方从哲反驳道：“王巡抚心诚意真，这个我们都是知道的，只是凭心诚意真就能荡平辽东，反正臣是不相信的。臣建议，不是用熊廷弼节制王化贞，而是调王化贞于别处，将辽事专委于熊廷弼。”
这下让叶向高等人找到了借口，刘一燝道：“如首辅大人所言，他日如熊廷弼败坏辽事，则又如何？”意思很明显，如果熊廷弼败了，那你这个提议的人到时如何说。
却不想方从哲直接道：“如是熊廷弼日后败坏辽事，罪在经略，则责亦在臣。”这是把自己和熊廷弼绑在一起了，如果熊廷弼有罪，则方从哲只好下台了事。
朱由校立刻跳出来做和事佬：“各位爱卿何必做此意气之争。这样吧，明日朝会时，所有大臣均选择辽事之支持者，到时以人数多少而论，不可让经抚之事久拖不决。”
第二天是十一月二十日，早朝时，皇帝先说了规则：“昨日首辅愿意以自身保熊廷弼专事辽东之权，今日朝会，各位爱卿选择支持经抚中的一位，选择多者即留于辽东，少者另调他用。”
昨天各位大佬放风出来，说今日要选择支持经抚中的一位，大家都摩拳擦掌，要将熊大嘴掀了下来。
皇帝刚刚讲完，方从哲第一个出列道：“臣方从哲，愿保熊廷弼专事辽东之权，若他日熊经略行为有差，朝廷问其罪，臣愿与之同罪。”
首辅如此不讲规矩，底下的群臣都懵住了。首辅这是将自己的前途和熊廷弼绑在一起了，那让后面的人如何说呢？他们可不愿意与王化贞绑在一起，左光斗首先出列道：“臣等觉得，现今毛文龙和京营都捷报频传，证明辽东形势一片大好，而两捷均为王化贞所主持，则辽东经抚之争，臣觉得应该由王化贞主导辽事。”
这话给那些东林大臣提了醒，以后的事谁也不能预知，但现在的两次捷报可是与熊廷弼半点关系都没有，我们不会象方从哲那个笨蛋一样把自己的命运和熊廷弼绑在一起，但王化贞是自己东林人，熊大嘴不过是楚党，非我党类当然是其心必异，何况战场上的事，谁说得准呢，万一王化贞成功了呢？至于失败，那有什么关系，再换一个自己党内的人不就行了吗？不让其他党人得势，保住东林一党独大才是目的。